Попытайтесь использовать в этих сценариях всегда абсолютные пути. Узнайте, какой путь имеет исполняемый файл java:
which java
Затем используйте это как путь в скрипте yout:
/path/to/java -Xmx1024M -Xms1024M -jar /path/to/craftbukkit.jar -o false
Обратите внимание, что вы также должны дать полный путь к craftbukkit.jar.