Выход из системы, перейдите в командную строку (Alt + ctrl + F1), войдите в систему, выполните: rm -rf .gnome .gnome2 .gconf .gconfd .metacity, переключитесь на X (Alt + ctrl + F7).
Так же, как они описали его здесь:
http://www.linuxjournal.com/content/resetting-gnomes-settings-ubuntu