Ubuntu 16.04 много процессов kworker

Вы не должны делать это из скрипта PHP. Выключение компьютера, доступного из Интернета, звучит как очень плохая идея.

Я сам создам скрипт оболочки и выполняю его при необходимости. Например, этот скрипт будет сохранен на рабочем столе:

#!/bin/sh
shutdown -HP 1

И если вы запустите его, это выключит компьютер за одну минуту.