Это должно быть:
synclient TapButton2=2
synclient TapButton3=3
Как-то настройки по умолчанию были смешаны, чтобы быть 2 = 3 и 3 = 2 где-то вокруг Ubuntu 11.04, если я правильно помню. В то время были ошибки, но это никогда не было исправлено.
К счастью, легко исправить это, поставив выше указанные строки в сценарии запуска.