Я не сталкивался с этим, но я помню из других приложений OpenGL, что они плохо себя ведут с встроенным компоновщиком Xfce.
Если вы используете его, что я угадываю из xubuntu, попробуйте отключить его: Настройки / Диспетчер настроек / Twilks-Window-Manager, вкладка Compositor.
Если вы используете Compiz, попробуйте простой xfwm4 -replace и отключите композицию.