Я, наконец, нашел проблему. Когда я переименовал файлы, я не сохранил расширения файлов (например .jpg). Средство просмотра изображений обработало их отлично, и они появились в Nautilus как тип JPEG, но недостающая «.jpg» на конце была проблемой.
Shotwell отлично, это была просто ошибка пользователя. Теперь я получаю бронзовый значок «Идиот»?