Большинство приложений будут хранить личные настройки в известных «dotfiles». Они находятся в вашем домашнем каталоге, обычно под «.appname» - это имя приложения, которому предшествует точка. Иногда это будет имя конкретной библиотеки, которую приложение использует. Некоторые приложения хранят их в каталогах конфигурации gnome или kde, которые также являются dotfiles в вашем домашнем каталоге.
Самым безопасным здесь является резервное копирование вашего домашнего каталога, и если вы знаете, что есть большие файлы,
Серверные приложения (например, apache, mysql, sshd) совершенно разные, но я предполагаю, что теперь вы имеете в виду пользовательские приложения.