Была та же проблема. Левая кнопка мыши не будет реагировать, когда я вывожу xcalc с кнопки клавиатуры. Единственный способ разрешить это - отключить / подключить мышь usb.
Обходным решением, которое я нашел, является использование конвертера usb-> ps2. Я подключаю мышь usb к конвертеру usb-> ps2, а затем подключаю его к порту мыши ps2. После этого проблема исчезла, и я могу нормально функционировать.