Я использую xfce, и то, что я нашел, - это большинство системных команд автозапуска, таких как
power-managers, gnome-keyring, ubuntuone, blueman etc
, которые хранятся в /etc/xdg/autostart, тогда как большая часть пользовательских автозапуск находится в
$USER/.config/autostart Возможно, вы посмотрите на эти 2 места.