Я был на похожей охоте и в итоге использовал этот плагин для значков в трее, который остается видимым после закрытия окна Rhythmbox. Это похоже на недавнее поведенческое изменение, но я не могу найти способ переключить поведение X.
Ubuntu Tweaks - полезная программа, которая может управлять этим, я думаю. Установите и запустите его, затем перейдите в «Администраторы»> «Диспетчер типов файлов», выберите «Все» и найдите «Архив Java». Отредактируйте это, и если его нет в списке, используйте кнопку «Добавить» и выберите его или используйте опцию «Пользовательская команда» внизу.
Я прошел через Интернет, и я наткнулся на одну статью с полными шагами по запуску файла jar
http://mlartist.blogspot.in/2012/07/deployment-netbeans-project-in-linux .html