Я решил проблему, выполнив:
sudo rm -rf /usr/lib/python2.7/dist-packages/six-1.5.2.egg-info
(я нашел команду в этой проблеме GitHub).
Я столкнулся с аналогичной ошибкой на Kubuntu 14.04 LTS x64:
f@f-Aurora-R4:~/ta/hw4/code$ sudo pip uninstall scipy
Not uninstalling scipy at /usr/lib/python2.7/dist-packages, owned by OS
f@f-Aurora-R4:~/ta/hw4/code$ Not uninstalling scipy at /usr/lib/python2.7/dist-packages, owned by OS