Это дубликат этого вопроса. Я разместил там подробное описание решения. Существует также отчет об ошибке.
Это не nautilus.desktop, а nautilus-home.desktop, который вы должны изменить, я думаю, именно поэтому вам пришлось найти другую пусковую установку и проблемы с иконками. Если вы изменяете /usr/share/applications/nautilus-home.desktop, он работает после перезагрузки без каких-либо шагов.