awk. Перенаправление вывода обратно в файл с созданием tmp.txt и заменой исходного файла на tmp.txt после выполнения команды.
Команда
awk '/^[[:digit:]]$/ {$1="0"$1}1' numFile.txt > tmp.txt && mv tmp.txt numFile.txt
Пример вывода
xieerqi:$ cat numFile.txt
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
xieerqi:$ awk '/^[[:digit:]]$/ {$1="0"$1}1' numFile.txt > tmp.txt && mv tmp.txt numFile.txt
xieerqi:$ cat numFile.txt
01
02
03
04
05
06
07
08
09
10
11
12