Если вам нравится ваша система, вы также можете удалить драйверы vdpau (пакеты выглядят как vdpau-driver-all: amd64 и mesa-vdpau-drivers: amd64). Это заставит использовать VAAPI.
Вместо file:///path/to/repo:
deb "file:///media/miguel/My Passport/xenial-repo" xenial main restricted universe multiverse
...
В вашем случае это должно быть только file:/path/to/repo:
deb "file:/media/miguel/My Passport/xenial-repo" xenial main restricted universe multiverse
deb "file:/media/miguel/My Passport/xenial-repo" xenial-backports main restricted universe multiverse
deb "file:/media/miguel/My Passport/xenial-repo" xenial-updates main restricted universe multiverse
deb "file:/media/miguel/My Passport/xenial-repo" xenial-proposed main restricted universe multiverse
deb "file:/media/miguel/My Passport/xenial-repo" xenial-security main restricted universe multiverse
. Для получения дополнительной информации об этом, как создавать личные репозитории.
Вместо file:///path/to/repo:
deb "file:///media/miguel/My Passport/xenial-repo" xenial main restricted universe multiverse
...
В вашем случае это должно быть только file:/path/to/repo:
deb "file:/media/miguel/My Passport/xenial-repo" xenial main restricted universe multiverse
deb "file:/media/miguel/My Passport/xenial-repo" xenial-backports main restricted universe multiverse
deb "file:/media/miguel/My Passport/xenial-repo" xenial-updates main restricted universe multiverse
deb "file:/media/miguel/My Passport/xenial-repo" xenial-proposed main restricted universe multiverse
deb "file:/media/miguel/My Passport/xenial-repo" xenial-security main restricted universe multiverse
. Для получения дополнительной информации об этом, как создавать личные репозитории.