Установка R и RStudio и ошибка пакета

Question 1

После установки R и RStudio в Ubuntu 16.04 со следующим кодом:

sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base
sudo apt-get install r-base-dev

и

sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download1.rstudio.org/rstudio-1.0.143-amd64.deb
sudo gdebi rstudio-1.0.143-amd64.deb

Я пытаюсь установить пакеты, и я получаю ошибки в R console like [! d2] install.packages("fGarch") Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’ (as ‘lib’ is unspecified) Warning in install.packages : 'lib = "/usr/local/lib/R/site-library"' is not writable

Поскольку я новичок в Linux, я не знаю, в какой каталог устанавливают пакеты R. Я не уверен, что это проблема, или если я ошибался при установке. Может ли кто-нибудь помочь мне с этой проблемой? Спасибо заранее.

Question 2

Если вы хотите установить дополнительный пакет R для всех пользователей в /usr/local/lib, вам нужно предоставить привилегии суперпользователя R для создания там файлов. Чтобы установить R дополнительных пакетов в качестве суперпользователя:

sudo R CMD INSTALL <PACKAGES…>

, где вы заменяете <PACKAGES…> именами добавляемых пакетов дополнительных номеров.

[ ! d3]

Если вы хотите установить пакет для всех пользователей , вам не нужно давать привилегии суперпользователя R, но вам нужно указать цель установки. Один из удобных способов сделать это - с переменной среды:

export R_LIBS_USER=<PATH>

, где вы заменяете <PATH> на путь к каталогу для ваших пользовательских пакетов R. Я рекомендую ~/.local/lib/R/site-library. Теперь вы можете установить пакеты:

R CMD INSTALL <PACKAGES…>

Вам нужно убедиться, что эта переменная среды задана перед запуском R или она не найдет пакеты, установленные в этом месте. Лучшим вариантом было бы добавить указанную выше команду export в файл ~/.profile. Дополнительные сведения см. В разделе Переменные окружения.

Question 3

Question 4

Попробуйте открыть R через терминал в sudo. Это потребует ввода пароля и позволит предоставить разрешения на запись файлов в вашей системе. Изображение

Редактирование: см. Изображение для ясности

Question 5

Я не знаю, почему R 3.4.1 изменяет путь к библиотеке. Чтобы изменить его, просто отредактируйте /etc/R/Renviron:

$ sudo gedit /etc/R/Renviron

Комментирование R_LIBS_SITE=..., затем раскомментируйте R_LIBS_USER=...

# edd Jun 2017  Comment-out R_LIBS_USER
R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4'}

# edd Apr 2003  Allow local install in /usr/local, also add a directory for
#               Debian packaged CRAN packages, and finally the default dir 
# edd Jul 2007  Now use R_LIBS_SITE, not R_LIBS
#R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/local/lib/R/site-library:/usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library'}

Question 6

Этот ответ касается установки дополнительных R-пакетов в R и RStudio. Если вы ищете, как установить R и RStudio в разделе «Установка RStudio», это сильно отличается от других пакетов?

Два способа установки пакетов R

Я не рекомендую RStudio или R с привилегиями sudo. Запуск одной команды R с sudo, такой как sudo R INSTALL fGarch, должен быть прекрасным. Двумя способами, описанными ниже, являются другие альтернативы.

1. R в качестве программного обеспечения Ubuntu

Когда вы используете R, вам нужно будет установить другие пакеты R. Иногда они доступны в репозиториях. Скажите, что пакет r вам нужен fGarch, тогда пакет в репозиториях называется r-cran-fGarch. Откройте терминал, нажав Cntrl + Alt + T и введите:

sudo apt install r-cran-fGarch

Установка пакетов R таким образом имеет два преимущества:

Он сохранит fGarch Дата. Всякий раз, когда fGarch обновляется в репозитории R-Cran, он будет обновляться на вашем компьютере вместе с процессом обновления системы. Все пользователи этого компьютера смогут использовать пакет fGarch в R и RStudio.

Однако не каждый пакет R имеет соответствующий предварительно скомпилированный пакет установки deb в репозитории Cran. fGarch просто происходит с одним из них. Таким образом, вышеуказанный метод не работает для этого пакета.

2. R изнутри RStudio

R-пакеты, такие как fGarch, могут быть легко установлены и обновлены изнутри RStudio. Если вы это сделаете, вы увидите сообщение об ошибке и обнаружите, что RStudio помещает новые файлы (включая обновления) внутри вашего домашнего каталога /home/<user>/R/site-library/. Это нормально, если вы единственный пользователь этого компьютера, который использует R и RStudio. Этот ответ касается установки дополнительных R-пакетов в R и RStudio.

Один из способов решения этой проблемы и позволить RStudio устанавливать все будущие дополнительные пакеты в нужное место - это добавить себя к группу staff. Откройте терминал, нажав Cntrl + Alt + Alt и введите:

sudo adduser <user> staff

Замените <user> на свое имя пользователя.

После этого вы получите возможность установки или обновления пакетов /usr/local/lib/R/site-library/ или /home/<user>/R/site-library/.

Источник: Установка RStudio - это сильно отличается от других пакетов?

Надеюсь, это поможет

Question 7

Question 8

Если вы хотите установить дополнительный пакет R для всех пользователей в /usr/local/lib, вам нужно предоставить привилегии суперпользователя R для создания там файлов. Чтобы установить R дополнительных пакетов в качестве суперпользователя:

sudo R CMD INSTALL <PACKAGES…>

, где вы заменяете <PACKAGES…> именами добавляемых пакетов дополнительных номеров.

[ ! d3]

Если вы хотите установить пакет для всех пользователей , вам не нужно давать привилегии суперпользователя R, но вам нужно указать цель установки. Один из удобных способов сделать это - с переменной среды:

export R_LIBS_USER=<PATH>

, где вы заменяете <PATH> на путь к каталогу для ваших пользовательских пакетов R. Я рекомендую ~/.local/lib/R/site-library. Теперь вы можете установить пакеты:

R CMD INSTALL <PACKAGES…>

Вам нужно убедиться, что эта переменная среды задана перед запуском R или она не найдет пакеты, установленные в этом месте. Лучшим вариантом было бы добавить указанную выше команду export в файл ~/.profile. Дополнительные сведения см. В разделе Переменные окружения.

Question 9

Попробуйте открыть R через терминал в sudo. Это потребует ввода пароля и позволит предоставить разрешения на запись файлов в вашей системе. Изображение

Редактирование: см. Изображение для ясности

Question 10

Я не знаю, почему R 3.4.1 изменяет путь к библиотеке. Чтобы изменить его, просто отредактируйте /etc/R/Renviron:

$ sudo gedit /etc/R/Renviron

Комментирование R_LIBS_SITE=..., затем раскомментируйте R_LIBS_USER=...

# edd Jun 2017  Comment-out R_LIBS_USER
R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4'}

# edd Apr 2003  Allow local install in /usr/local, also add a directory for
#               Debian packaged CRAN packages, and finally the default dir 
# edd Jul 2007  Now use R_LIBS_SITE, not R_LIBS
#R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/local/lib/R/site-library:/usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library'}

Question 11

Этот ответ касается установки дополнительных R-пакетов в R и RStudio. Если вы ищете, как установить R и RStudio в разделе «Установка RStudio», это сильно отличается от других пакетов?

Два способа установки пакетов R

Я не рекомендую RStudio или R с привилегиями sudo. Запуск одной команды R с sudo, такой как sudo R INSTALL fGarch, должен быть прекрасным. Двумя способами, описанными ниже, являются другие альтернативы.

1. R в качестве программного обеспечения Ubuntu

Когда вы используете R, вам нужно будет установить другие пакеты R. Иногда они доступны в репозиториях. Скажите, что пакет r вам нужен fGarch, тогда пакет в репозиториях называется r-cran-fGarch. Откройте терминал, нажав Cntrl + Alt + T и введите:

sudo apt install r-cran-fGarch

Установка пакетов R таким образом имеет два преимущества:

Он сохранит fGarch Дата. Всякий раз, когда fGarch обновляется в репозитории R-Cran, он будет обновляться на вашем компьютере вместе с процессом обновления системы. Все пользователи этого компьютера смогут использовать пакет fGarch в R и RStudio.

Однако не каждый пакет R имеет соответствующий предварительно скомпилированный пакет установки deb в репозитории Cran. fGarch просто происходит с одним из них. Таким образом, вышеуказанный метод не работает для этого пакета.

2. R изнутри RStudio

R-пакеты, такие как fGarch, могут быть легко установлены и обновлены изнутри RStudio. Если вы это сделаете, вы увидите сообщение об ошибке и обнаружите, что RStudio помещает новые файлы (включая обновления) внутри вашего домашнего каталога /home/<user>/R/site-library/. Это нормально, если вы единственный пользователь этого компьютера, который использует R и RStudio. Этот ответ касается установки дополнительных R-пакетов в R и RStudio.

Один из способов решения этой проблемы и позволить RStudio устанавливать все будущие дополнительные пакеты в нужное место - это добавить себя к группу staff. Откройте терминал, нажав Cntrl + Alt + Alt и введите:

sudo adduser <user> staff

Замените <user> на свое имя пользователя.

После этого вы получите возможность установки или обновления пакетов /usr/local/lib/R/site-library/ или /home/<user>/R/site-library/.

Источник: Установка RStudio - это сильно отличается от других пакетов?

Надеюсь, это поможет

Community · Answer 1 · 18 July 2018 в 10:47

Если вы хотите установить дополнительный пакет R для всех пользователей в /usr/local/lib, вам нужно предоставить привилегии суперпользователя R для создания там файлов. Чтобы установить R дополнительных пакетов в качестве суперпользователя:

sudo R CMD INSTALL <PACKAGES…>

, где вы заменяете <PACKAGES…> именами добавляемых пакетов дополнительных номеров.

[ ! d3]

Если вы хотите установить пакет для всех пользователей , вам не нужно давать привилегии суперпользователя R, но вам нужно указать цель установки. Один из удобных способов сделать это - с переменной среды:

export R_LIBS_USER=<PATH>

, где вы заменяете <PATH> на путь к каталогу для ваших пользовательских пакетов R. Я рекомендую ~/.local/lib/R/site-library. Теперь вы можете установить пакеты:

R CMD INSTALL <PACKAGES…>

Вам нужно убедиться, что эта переменная среды задана перед запуском R или она не найдет пакеты, установленные в этом месте. Лучшим вариантом было бы добавить указанную выше команду export в файл ~/.profile. Дополнительные сведения см. В разделе Переменные окружения.

Nik P · Answer 2 · 18 July 2018 в 10:47

Попробуйте открыть R через терминал в sudo. Это потребует ввода пароля и позволит предоставить разрешения на запись файлов в вашей системе. Изображение

Редактирование: см. Изображение для ясности

Tung · Answer 3 · 18 July 2018 в 10:47

Я не знаю, почему R 3.4.1 изменяет путь к библиотеке. Чтобы изменить его, просто отредактируйте /etc/R/Renviron:

$ sudo gedit /etc/R/Renviron

Комментирование R_LIBS_SITE=..., затем раскомментируйте R_LIBS_USER=...

# edd Jun 2017  Comment-out R_LIBS_USER
R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4'}

# edd Apr 2003  Allow local install in /usr/local, also add a directory for
#               Debian packaged CRAN packages, and finally the default dir 
# edd Jul 2007  Now use R_LIBS_SITE, not R_LIBS
#R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/local/lib/R/site-library:/usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library'}

user68186 · Answer 4 · 18 July 2018 в 10:47

Этот ответ касается установки дополнительных R-пакетов в R и RStudio. Если вы ищете, как установить R и RStudio в разделе «Установка RStudio», это сильно отличается от других пакетов?

Два способа установки пакетов R

Я не рекомендую RStudio или R с привилегиями sudo. Запуск одной команды R с sudo, такой как sudo R INSTALL fGarch, должен быть прекрасным. Двумя способами, описанными ниже, являются другие альтернативы.

1. R в качестве программного обеспечения Ubuntu

Когда вы используете R, вам нужно будет установить другие пакеты R. Иногда они доступны в репозиториях. Скажите, что пакет r вам нужен fGarch, тогда пакет в репозиториях называется r-cran-fGarch. Откройте терминал, нажав Cntrl + Alt + T и введите:

sudo apt install r-cran-fGarch

Установка пакетов R таким образом имеет два преимущества:

Он сохранит fGarch Дата. Всякий раз, когда fGarch обновляется в репозитории R-Cran, он будет обновляться на вашем компьютере вместе с процессом обновления системы. Все пользователи этого компьютера смогут использовать пакет fGarch в R и RStudio.

Однако не каждый пакет R имеет соответствующий предварительно скомпилированный пакет установки deb в репозитории Cran. fGarch просто происходит с одним из них. Таким образом, вышеуказанный метод не работает для этого пакета.

2. R изнутри RStudio

R-пакеты, такие как fGarch, могут быть легко установлены и обновлены изнутри RStudio. Если вы это сделаете, вы увидите сообщение об ошибке и обнаружите, что RStudio помещает новые файлы (включая обновления) внутри вашего домашнего каталога /home/<user>/R/site-library/. Это нормально, если вы единственный пользователь этого компьютера, который использует R и RStudio. Этот ответ касается установки дополнительных R-пакетов в R и RStudio.

Один из способов решения этой проблемы и позволить RStudio устанавливать все будущие дополнительные пакеты в нужное место - это добавить себя к группу staff. Откройте терминал, нажав Cntrl + Alt + Alt и введите:

sudo adduser <user> staff

Замените <user> на свое имя пользователя.

После этого вы получите возможность установки или обновления пакетов /usr/local/lib/R/site-library/ или /home/<user>/R/site-library/.

Источник: Установка RStudio - это сильно отличается от других пакетов?

Надеюсь, это поможет

Community · Answer 5 · 24 July 2018 в 19:38

Если вы хотите установить дополнительный пакет R для всех пользователей в /usr/local/lib, вам нужно предоставить привилегии суперпользователя R для создания там файлов. Чтобы установить R дополнительных пакетов в качестве суперпользователя:

sudo R CMD INSTALL <PACKAGES…>

, где вы заменяете <PACKAGES…> именами добавляемых пакетов дополнительных номеров.

[ ! d3]

Если вы хотите установить пакет для всех пользователей , вам не нужно давать привилегии суперпользователя R, но вам нужно указать цель установки. Один из удобных способов сделать это - с переменной среды:

export R_LIBS_USER=<PATH>

, где вы заменяете <PATH> на путь к каталогу для ваших пользовательских пакетов R. Я рекомендую ~/.local/lib/R/site-library. Теперь вы можете установить пакеты:

R CMD INSTALL <PACKAGES…>

Вам нужно убедиться, что эта переменная среды задана перед запуском R или она не найдет пакеты, установленные в этом месте. Лучшим вариантом было бы добавить указанную выше команду export в файл ~/.profile. Дополнительные сведения см. В разделе Переменные окружения.

Nik P · Answer 6 · 24 July 2018 в 19:38

Попробуйте открыть R через терминал в sudo. Это потребует ввода пароля и позволит предоставить разрешения на запись файлов в вашей системе. Изображение

Редактирование: см. Изображение для ясности

0

ответ дан Nik P 24 July 2018 в 19:38

1

Не могли бы вы немного разобраться? – Sumeet Deshmukh 3 July 2017 в 04:41
2

Я прояснил это, теперь просто запускайте пакеты установки через терминал, как если бы вы были внутри студии R – Nik P 3 July 2017 в 17:45

Tung · Answer 7 · 24 July 2018 в 19:38

Я не знаю, почему R 3.4.1 изменяет путь к библиотеке. Чтобы изменить его, просто отредактируйте /etc/R/Renviron:

$ sudo gedit /etc/R/Renviron

Комментирование R_LIBS_SITE=..., затем раскомментируйте R_LIBS_USER=...

# edd Jun 2017  Comment-out R_LIBS_USER
R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4'}

# edd Apr 2003  Allow local install in /usr/local, also add a directory for
#               Debian packaged CRAN packages, and finally the default dir 
# edd Jul 2007  Now use R_LIBS_SITE, not R_LIBS
#R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/local/lib/R/site-library:/usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library'}

user68186 · Answer 8 · 24 July 2018 в 19:38

Этот ответ касается установки дополнительных R-пакетов в R и RStudio. Если вы ищете, как установить R и RStudio в разделе «Установка RStudio», это сильно отличается от других пакетов?

Два способа установки пакетов R

Я не рекомендую RStudio или R с привилегиями sudo. Запуск одной команды R с sudo, такой как sudo R INSTALL fGarch, должен быть прекрасным. Двумя способами, описанными ниже, являются другие альтернативы.

1. R в качестве программного обеспечения Ubuntu

Когда вы используете R, вам нужно будет установить другие пакеты R. Иногда они доступны в репозиториях. Скажите, что пакет r вам нужен fGarch, тогда пакет в репозиториях называется r-cran-fGarch. Откройте терминал, нажав Cntrl + Alt + T и введите:

sudo apt install r-cran-fGarch

Установка пакетов R таким образом имеет два преимущества:

Он сохранит fGarch Дата. Всякий раз, когда fGarch обновляется в репозитории R-Cran, он будет обновляться на вашем компьютере вместе с процессом обновления системы. Все пользователи этого компьютера смогут использовать пакет fGarch в R и RStudio.

Однако не каждый пакет R имеет соответствующий предварительно скомпилированный пакет установки deb в репозитории Cran. fGarch просто происходит с одним из них. Таким образом, вышеуказанный метод не работает для этого пакета.

2. R изнутри RStudio

R-пакеты, такие как fGarch, могут быть легко установлены и обновлены изнутри RStudio. Если вы это сделаете, вы увидите сообщение об ошибке и обнаружите, что RStudio помещает новые файлы (включая обновления) внутри вашего домашнего каталога /home/<user>/R/site-library/. Это нормально, если вы единственный пользователь этого компьютера, который использует R и RStudio. Этот ответ касается установки дополнительных R-пакетов в R и RStudio.

Один из способов решения этой проблемы и позволить RStudio устанавливать все будущие дополнительные пакеты в нужное место - это добавить себя к группу staff. Откройте терминал, нажав Cntrl + Alt + Alt и введите:

sudo adduser <user> staff

Замените <user> на свое имя пользователя.

После этого вы получите возможность установки или обновления пакетов /usr/local/lib/R/site-library/ или /home/<user>/R/site-library/.

Источник: Установка RStudio - это сильно отличается от других пакетов?

Надеюсь, это поможет

Установка R и RStudio и ошибка пакета

8 ответов

Два способа установки пакетов R

1. R в качестве программного обеспечения Ubuntu

2. R изнутри RStudio

Два способа установки пакетов R

1. R в качестве программного обеспечения Ubuntu

2. R изнутри RStudio

Другие вопросы по тегам:

Похожие вопросы: