У меня была такая же проблема, что и обычная программа OpenGL над ssh -X. Вышеупомянутое решение работало с небольшой модификацией
Section "ServerFlags"
Option "AllowIndirectGLX" "on"
Option "IndirectGLX" "on"
EndSection
Это работало с сервером ubuntu 16.04, на котором запущен kubuntu-desktop с графическим процессором NVIDIA GTX 1070 и бинарным драйвером NVIDIA, установленным через apt.
Попробуйте установить Eclipse с помощью Ubuntu Make:
sudo add-apt-repository ppa:ubuntu-desktop/ubuntu-make
sudo apt-get update
sudo apt-get install ubuntu-make
umake ide eclipse
Попробуйте установить Eclipse с помощью Ubuntu Make:
sudo add-apt-repository ppa:ubuntu-desktop/ubuntu-make
sudo apt-get update
sudo apt-get install ubuntu-make
umake ide eclipse