Это вызвано compiz. Отключите Compiz, перейдя в System> Preferences> Appearance (на панели задач Gnome). Перейдите на вкладку «Визуальные эффекты» и выберите none.
Посмотрите на iotop, точно так же, как top по духу, но для операций ввода / вывода.
Посмотрите на iotop, точно так же, как top по духу, но для операций ввода / вывода.