Как записать стереофонический звук из Line-In в командной строке?

Вы можете использовать однострочный perl для этого:

perl -ane '@l=split(/__/,$F[1]); foreach $val (@l){print $F[0],"\t",$val,"\n"}'

Пример:

$ echo "33  Hhe.1__Hhe.2__Hhe.3__Hhe.4" | perl -ane '@l=split(/__/,$F[1]); foreach $val (@l){print $F[0],"\t",$val,"\n"}'
33  Hhe.1
33  Hhe.2
33  Hhe.3
33  Hhe.4

Объяснение используемых команд:

perl -ane                    #read input line-wise and split line on tab
'@l=split(/__/,$F[1]);       #split the second element ($F[1]) on a double _
foreach $val (@l){           #for each value, print the first element and the value.
  print $F[0],"\t",$val,"\n"
 }'