Не удалось установить пакет geojson для R

У меня Ubuntu 16.04 и R 3.4.3. Когда я запускаю

install.packages("geojson", dep=TRUE)

в R, я получаю следующую ошибку:

зависимость «protolite» недоступна для пакета «geojson»

Поэтому I запустите

install.packages("protolite", dep=TRUE)

, к которому я получу:

Configuration failed because protobuf was not found. Try installing: * deb: libprotobuf-dev (Debian, Ubuntu, etc) * rpm: protobuf-devel (Fedora, EPEL) * csw: protobuf_dev (Solaris) * brew: protobuf (OSX) If protobuf is already installed, check that 'pkg-config' is in your PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a protobuf.pc file. If pkg-config is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via: R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'

Однако, запуск protoc --version в терминале я получаю

libprotoc 2.6.1

Итак, кажется, что я установлена ​​последняя версия. Я также попытался скопировать protobuf.pc в /usr/lib/pkconfig/ и установить PKG_CONFIG_PATH с

export PKG_CONFIG_PATH=/usr/lib/pkgconfig

без успеха. Я не знаю, как проверить, есть ли pkg-config в моем PATH, и как следовать последним инструкциям руководства. В частности, я не знаю, какие каталоги следует писать для INCLUDE_DIR=... и LIB_DIR=....

Как мне следует продолжить?

2
задан 1 March 2018 в 15:42

4 ответа

Я только что нашел, что мой /usr/bin/pkg-config (версия 0.29.1 в комплекте с Ubuntu 18.04) является ультра-багги. Он не относится к каталогам, указанным в PKG_CONFIG_PATH (пользовательские каталоги не видели в отладочном spew). Мне пришлось построить более новую версию (0.29.2) из ​​исходного кода. Это решило мою проблему.

Надеюсь, что это поможет кому-то

1
ответ дан 17 July 2018 в 19:45

Вы можете установить свои R-пакеты со следующими действиями

#1. add R 3.4.3 repository if not added before cat <<EOF | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/r-cran.list deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial/ EOF sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9 #2. add repository for libjq-dev sudo add-apt-repository -y ppa:opencpu/jq #3. update package lists sudo apt-get update #4. install R and dependencies sudo apt-get install r-base-dev r-base-core libjq-dev libcurl4-openssl-dev \ libssl-dev libprotobuf-dev libjq-dev libv8-3.14-dev protobuf-compiler #5. launch R and install geojson package: R > install.packages("geojson", dep=TRUE)
0
ответ дан 17 July 2018 в 19:45

Я только что нашел, что мой /usr/bin/pkg-config (версия 0.29.1 в комплекте с Ubuntu 18.04) является ультра-багги. Он не относится к каталогам, указанным в PKG_CONFIG_PATH (пользовательские каталоги не видели в отладочном spew). Мне пришлось построить более новую версию (0.29.2) из ​​исходного кода. Это решило мою проблему.

Надеюсь, что это поможет кому-то

1
ответ дан 23 July 2018 в 20:30

Вы можете установить свои R-пакеты со следующими действиями

#1. add R 3.4.3 repository if not added before cat <<EOF | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/r-cran.list deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial/ EOF sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9 #2. add repository for libjq-dev sudo add-apt-repository -y ppa:opencpu/jq #3. update package lists sudo apt-get update #4. install R and dependencies sudo apt-get install r-base-dev r-base-core libjq-dev libcurl4-openssl-dev \ libssl-dev libprotobuf-dev libjq-dev libv8-3.14-dev protobuf-compiler #5. launch R and install geojson package: R > install.packages("geojson", dep=TRUE)
0
ответ дан 23 July 2018 в 20:30

Другие вопросы по тегам:

Похожие вопросы: