Как сделать скрипт в init.d запустите позже

Используйте дисковод для создания установочного диска Ubuntu. Затем вставьте USB-накопитель и загрузитесь с DVD. Теперь установите Ubuntu на USB-накопитель.

Чтобы быть абсолютно уверенными, что окна не пострадают, вы можете временно отключить жесткий диск, если это разрешит аппаратное обеспечение. (Некоторые ноутбуки не будут ..)