Да, версии Unison, которые вы используете, должны быть одинаковыми. Это связано с тем, что формат для архивного файла, который Unison использует для отслеживания материала, улучшен в каждой новой версии.
Если вы действительно хотите установить 2.40 на Xenial, просто загрузите источник для Unison, скомпилируйте его с помощью OCaml и установите его.
Хотя источник для Unison .