Звучит как проблема с ключами, иногда, если в одном сеансе vnc нажата клавиша ALT или Super, она может вставляться, и любое нажатие клавиши будет с клавишами ALT или Super. У меня была такая проблема, когда я работал через vnc с другими людьми. С другой стороны, это могут быть некоторые настройки на стороне ОС на стороне vnc, связанные с настройками клавиш.