Есть ли способ использовать цвета, чтобы отличать окна nautilus?

Возможно, вы используете прокси-сервер, который изменяет заголовок пользовательского агента.

Проверяйте с помощью Wireshark (или Firebug + его вкладку в сети), если отправляется правильный заголовок агента.