Это потому, что вам нужно создать скрипт (сортировку), чтобы WINE правильно нашел .exe.
Вот пример:
Создайте ссылку (как вы сделали в своем вопросе). Откройте текстовый редактор и введите следующее:wine /path/to/link
Сохраните файл как iexplore. Сделайте исполняемый файл. Поместите этот файл в /usr/bin. Альтернативный метод (если ссылка все еще вызывает проблемы) заключается в том, чтобы скопировать файл iexplore.exe /usr/bin и просто сказать сценарию указать к нему:
wine iexplore.exe
Третьим вариантом было бы указать скрипт непосредственно на файл:
wine /path/to/iexplore.exe