можно создать зашифрованный раздел с двухфакторной аутентификацией (дешифрование с паролем и ключевым файлом) с помощью LUKS, например, в truecrypt?
Да, это возможно. Как упоминалось в @muldune, вы можете использовать Yubikey для выполнения шифрования 2FA с помощью LUKS. Посмотрите на мой ответ AskUbuntu здесь .
Я еще не пробовал это сам, но вы можете использовать Yubikey, настроенный на сохранение статического пароля (до 38 символов) во втором слоте (первый слот - OTP, который вы хотите сохранить для использования с менеджер паролей).
В теории вы должны ввести более короткую, легко запоминаемую, пропустить фразу, а затем добавить ее со статическим паролем от Yubikey. Поскольку Yubikey выглядит как USB HID, у вас не должно быть проблем с его использованием, пока поддержка USB-клавиатуры включена в BIOS.