После обновления эффекты очень медленные

У меня была та же проблема с 16.10. В какой-то момент я немного очистил и один из следующих удалил unity-control-center:

sudo apt full-upgrade
sudo apt-get autoremove

Решение было вручную переустановить unity-control-center:

sudo apt install unity-control-center

I теперь см. 2 Приложения настроек в тире: «Настройки» (gnome-control-center) и «Системные настройки» (unity-control-center).