Ну, две вещи. Один, EXT4 быстрее, чем NTFS, вот доказательство: http://www.phoronix.com/scan.php?page=news_item&px=ODIxNw
Два, с NTFS есть фрагментация и даже если это трудно определить, насколько это будет медленнее система, которую вы знаете, что она в конечном итоге замедлит ее.
Три (потому что всегда есть три), не устанавливайте Ubuntu в Windows, я хочу использовать бесплатное программное обеспечение для запуска вашей системы, которая в конечном итоге получит обновление от Microsoft в один прекрасный день, и вы не сможете снова запустить Ubuntu.