apt-get install, каталог путей и запущенные программы зависимостей

Я очень новичок в Ubuntu, и, пожалуйста, несите меня, если я представляю версию объяснения очень непростой.

Моя ОС: сервер Ubuntu 11.10, 64-битная версия

Мне нужно используйте три инструмента samtools, bowtie и tophat. Однако tophat зависит от samtools и bowtie. Фактор зависимости - выяснить, где именно находится путь к двум вышеуказанным инструментам (samtools и bowtie).

Теперь я могу установить samtools и bowtie, используя sudo apt-get install, однако

• Я точно не знаю, где существуют пути библиотек для samtools или bowtie
• . В соответствии с примечаниями по установке tophat я должен извлечь инструмент из сжатого файла, изменить dir в этот файл и ./configure ; НО я не вижу скрипт ./configure в извлеченном каталоге

Samtools и Bowtie и Tophat находятся на их сайтах, это метод установки , который я пытаюсь выполнить.