Одной из причин такого поведения NetworkManager (апплета) может быть то, что установлено какое-то программное обеспечение для виртуализации (например, qemu / kvm или VirtualBox). Если это так, NetworkManager обрабатывает виртуальные интерфейсы как проводные сети, а не игнорирует их.
В качестве обходного пути вы можете заставить NM игнорировать эти интерфейсы, добавив это в /etc/NetworkManager/NetworkManager.conf:
[keyfile]
unmanaged-devices=interface-name:virbr*,interface-name:vboxnet*