Случайно удаленные значки в / usr / share, как мне их вернуть?

Вы видите пустой рабочий стол, потому что это каталог рабочего стола root, так как вы используете gksudo для открытия Nautilus. Итак, когда вы открываете Nautilus, просто следуйте по этому пути с левой боковой панели:

Затем скопируйте все, что угодно хотеть. Для альтернативного варианта вы можете использовать терминал для этого:

sudo cp -r ~/Desktop/directory_that_will_be_copied /opt/where_to_copy