Отвечая на первую половину вашего вопроса How can I identify what produces this empty window, при открытии окна откройте терминал и введите xlsclients:
dell bamfdaemon
dell ibus-ui-gtk3
dell ibus-x11
dell unity-settings-daemon
dell unity-panel-service
dell indicator-printers-service
dell indicator-keyboard-service
dell unity-fallback-mount-helper
dell polkit-gnome-authentication-agent-1
dell nm-applet
dell gnome-software
dell nautilus
dell compiz
dell telepathy-indicator
dell gnome-terminal-server
dell update-notifier
dell notify-osd
dell hud-service
dell google-chrome-stable
dell conky
Затем закройте окно и снова запустите xlsclients. Процесс, выполняющий это окно, будет одним (ыми) в первом списке, но не вторым.
Поиск имени процесса - это первый шаг к его прекращению.
HTH.