Ну, я бы сказал, если приложение тесно связано с GNOME (или с любой из библиотек, тесно связанных с GNOME), тогда оно будет использовать настройки прокси-сервера GNOME.
Если это что-то связано с пакет управления, то он будет искать в apt.conf
И, наконец, если это утилита CLI, переменные bash или файл конфигурации.
Полезно проверить документацию / man-страницу приложения, чтобы узнать, где он ищет настройки.