В настоящее время Ubuntu One не синхронизирует метаданные о файлах (последнее измененное время, разрешения). Самая большая проблема заключается в том, что разные системы хранят разные метаданные, а те, которые хранят подобные метаданные, хранят его по-разному. Существует отчет об ошибке, который вы можете прокомментировать здесь: https://bugs.launchpad.net/ubuntuone-client/+bug/385511