Можно ли использовать команду cat для объединения или объединения нескольких файлов VCF в один?

Нет смысла использовать cat (cat полезно для текстовых файлов), поскольку существует VCFtools . Чтобы установить его из терминала, используйте:

sudo apt-get install vcftools

Затем вы можете объединить файлы VCF, используя vcf-concat. См .: http://manpages.ubuntu.com/manpages/raring/man1/vcf-concat.1.html

Если с файлами vcf вы имеете в виду файлы vCard, полученный файл работает с адресной книгой OS X. Я предполагаю, что он должен работать с любым приложением.

Если вы сделаете это с помощью cat *.vcf > all.vcf, вы не перезапишите исходные файлы.