Установлено старое программное обеспечение из Центра программного обеспечения. Более новая версия доступна в другом месте. Как обновить?
Я новичок в Ubuntu, я только что установил 13.04 на выделенную машину.
Я хочу обновиться до самых последних версий научного программного обеспечения, а именно Bowtie, Tophat и Samtools, но я не могу понять, как, поскольку более новые версии не доступны из центра программного обеспечения. Это программное обеспечение для командной строки, кстати.
Я возьму Боути в качестве примера. Я установил его из Центра программного обеспечения Ubuntu, но это старая версия. Поэтому я скачал последнюю версию с сайта разработчика и разархивировал предварительно скомпилированный пакет в своем домашнем каталоге. Центр программного обеспечения установил старую версию в / usr / bin / и некоторые файлы в других местах, таких как / usr / share / doc / и / usr / share / man / man1 /. Насколько я понимаю, наличие двоичного файла в / usr / bin / делает его доступным для всех пользователей и позволяет вызывать его из командной строки, не вводя полный путь. Итак, чтобы обновить программное обеспечение, нужно ли перезаписать двоичный файл в usr / bin / и других файлах в других местах новыми версиями? Это кажется мне очень неловким. Я подозреваю, что для достижения этой цели должна быть команда Linux, но я не могу ее найти.
Спасибо всем за помощь.
2 ответа
Можно обновить все программное обеспечение в системе Ubuntu как это:
sudo apt-get update && sudo apt-get upgrade
или
sudo apt-get install bowtie
Можно использовать установку, она проверит на последнюю версию.
Я надеюсь, что это помогает
Вы никогда не должны переопределять файлы в /usr - они управляются менеджером пакетов Ubuntu, и изменение файлов вручную за спиной Ubuntu может привести к проблемам (например, Ubuntu отменит ваши изменения, когда обновленная версия пакета появится в хранилища).
Как говорит Бруно Перейра, способы установки каждого приложения могут быть разными, однако есть несколько общих мест:
- вы можете установить свое собственное приложение в
/usr/local [ 116] вы можете установить приложение в подкаталог - , если вам нужно приложение только для одного пользователя, вы можете оставить его в своем каталоге. home directory - если вы создадите каталог с именем
binв вашем домашнем каталоге и поместите символическую ссылку на двоичный файл приложения, вы сможете запустить приложение, просто набрав имя приложения в терминале
/opt, скажем, /opt/bowtie, и добавить последний каталог в PATH