Могу ли я установить символьный псевдоним для ссылки (например, & ldquo; mybinary dothing & rdquo; & ldquo; dothing & rdquo ;?
У меня есть сценарий, который берет некоторые данные генов и запускает их через десятки программ, чтобы попытаться выявить как можно больше информации и сделать мне несколько симпатичных отчетов. Тем не менее, хотя он, кажется, работает под Windows нормально, я не могу заставить его работать на Ubuntu 12.10.
Он хочет использовать некоторое программное обеспечение из пакета tigr-glimmer, long-orfs, extract и т. Д. (См. Ниже), и похоже, что предоставленный скрипт ожидает, что они будут отдельными двоичными файлами. Однако, когда они установлены, они на самом деле кажутся «подпрограммами» (?) Двоичного файла tigr-glimmer, которые необходимо запустить как tigr-glimmer long-orfs или тому подобное. Я попытался создать псевдоним, чтобы превратить long-orfs в tigr-glimmer long-orfs, но это, похоже, не дает никакого эффекта.
Могу ли я как-то установить связь между ними, или, скорее, как мне это исправить? Скрипт Python открыт для меня, но я бы предпочел не открывать эту банку с червями. Кажется, сканировать через env. пути для набора заданных строк (например, long-orfs ...) для поиска исполняемого файла, который, по-видимому, не соответствует моему псевдониму. Если я изменю, как это работает, тогда мне нужно будет изменить десятки вызовов, разбросанных по нескольким файлам ...
У меня почти нет опыта работы с Linux, поэтому мое понимание того, как это сделать, почти наверняка неверно. Пожалуйста, поправьте меня: P
ubuntu@domU:~$ python run_antismash.py --clusterblast P115_92.gb
ERROR: Failed to locate executable for 'long-orfs'
ERROR: Failed to locate executable for 'extract'
ERROR: Failed to locate executable for 'build-icm'
ERROR: Failed to locate executable for 'glimmer3'
ERROR: Not all prerequisites met
ubuntu@domU:~$ alias long-orfs
alias long-orfs='tigr-glimmer long-orfs'
ubuntu@domU:~$ long-orfs
Starting at Fri Mar 15 22:08:17 2013
USAGE: long-orfs [options] <sequence-file> <output-file>
Read DNA sequence [...]
2 ответа
Вам следует проверить страницу загрузки репозитория bitbucket. Есть хороший сценарий (install_ubuntu.sh) для установки в Ubuntu и настройки сценария-обёртки для антисмаша.
Для моего конкретного случая с tigr-glimmer отдельные подкоманды фактически являются отдельными двоичными файлами в /usr/lib/tigr-glimmer, поэтому добавления этого к PATH должно быть достаточно.
В более общем случае создание сценария искусственной двоичной оболочки также будет работать, например,
long-orfs
#!/bin/bash
tigr-glimmer long-orfs "$@"
Добавьте каталог, в котором он находится, в PATH envvar, или просто сбросьте его в /usr/bin или что-то уже в PATH.