Калибровка при установке (из Software Center) имеет другой значок, чем при поиске установленных приложений. Это невысокая ошибка.
Работает быстро (и отказоустойчиво):
mkdir ~/.local/share/applications (if required)
cp /usr/share/applications/calibre.desktop ~/.local/share/applications
Затем либо (используя Nautilus) Drag-n-Drop this Это незначительный баг. файл для стыковки Unity или поиск (в тире) и перетаскивание Drag-n-Drop в Unity.