Я собираюсь обновить до 12.04 с 11.10. Что я должен сделать резервную копию перед рукой?

Не особенно. Если в вашей системе есть какие-либо приложения, для которых вы хотите выполнить резервное копирование файлов конфигурации, вам следует.

Обновления редко приводят к потере данных, так как никаких манипуляций с разделами не делается.

Вы должны сделать резервную копию всего. Это просто общий принцип, и он не имеет ничего общего с обновлением 11.10 -> 12.04. У меня не было никаких проблем, когда я обновил свою машину. Я рекомендую делать резервные копии всего, чтобы быть «безопасным, а не жалким».