Проблема с секвенсором ДНК
Недавно я получил секвенатор генома USB-ДНК MinION, который, к моему разочарованию, похоже, не работает в Ubuntu должным образом.
Я использую Ubuntu 12.04. Секвенсор правильно обнаружен прилагаемым скриптом / драйвером, но, похоже, не может обнаружить сэмпл.
Я прилагаю скриншот процесса. Любая помощь будет принята с благодарностью!
3 ответа
Видя, что скрипт правильно обнаруживает устройство, скорее всего, ваша проблема связана с геном-секвенсором, а не с Ubuntu. Существуют ли какие-либо другие утилиты, которые позволят вам общаться с вашим секвенсором для каких-либо других функций, например, процедуры калибровки? Если бы Ubuntu могла общаться с машиной и заставлять ее делать другие вещи, я ожидала бы, что проблема заключается в секвенсоре генов, а не в компьютере. Другой возможный тест - попытаться использовать другую операционную систему, если доступно программное обеспечение. Наконец, убедитесь, что у вас секвенсор установлена последняя версия прошивки, а программное обеспечение, которое вы используете для подключения, обновлено.
Возможно ли превышение 6-часового срока службы устройства? Вероятно, это скорее ошибка устройства или проблема процесса. Техническая поддержка MinION должна быть вашим основным контактом для решения этой проблемы, поскольку кажется, что программа обменивается данными с устройством.
Крис
Дикая догадка: это может быть проблема с разрешениями? Некоторые устройства работают нормально для некоторых операций при запуске от имени обычного пользователя, но требуют root привилегий для выполнения других операций. Таким образом, вы можете попробовать sudo ./gseq и посмотреть, поможет ли это. Если это помогает, но вы не хотите запускать как root все время, вы можете отследить файлы и изменить их разрешения, чтобы получить доступ к устройству, используя вашу обычную учетную запись. Это, вероятно, потребует создания правил udev. Я не буду вдаваться в подробности здесь, так как это решение слишком далеко.