Понимание использования диска

Мой сервер Ubuntu установлен на жесткий диск с очень простым разбиением

/dev/sdd1   *           1        1824    14647296   83  Linux
/dev/sdd2            1824        3283    11718656   83  Linux
/dev/sdd3            3283        4864    12702720   82  Linux swap / Solaris

Так что около 14 ГБ выделено для / и около 12 ГБ для /home. Остальное своп.

Сегодня я заметил, что при входе в систему я получил предупреждение о том, что не хватает места. df показывает следующее

Filesystem            Size  Used Avail Use% Mounted on
/dev/sdd1              14G   13G  619M  96% /
none                  2.9G  260K  2.9G   1% /dev
none                  2.9G     0  2.9G   0% /dev/shm
none                  2.9G  852K  2.9G   1% /var/run
none                  2.9G     0  2.9G   0% /var/lock
none                  2.9G     0  2.9G   0% /lib/init/rw
/dev/sdd2              12G  2.6G  8.0G  25% /home

На данный момент я пытаюсь понять, что ест 13G на моем корневом разделе. du показывает следующий вывод

$ sudo du -hxL --exclude="/home" --max-depth=1 / # excluding home because
                                                  it's other partition

0       /sys
4.0K    /selinux
4.0K    /mnt
447M    /lib
4.0K    /opt
1.9G    /usr
64M     /etc
447M    /lib64
31M     /boot
8.2M    /sbin
8.0K    /man
48K     /root
358M    /var
0       /proc
0       /dev
4.0K    /srv
16K     /lost+found
28K     /tmp
12M     /bin
3.2G    /

parted

Disk /dev/sdd: 40.0GB
Sector size (logical/physical): 512B/512B
Partition Table: msdos

Number  Start   End     Size    Type     File system     Flags
 1      1049kB  15.0GB  15.0GB  primary  ext4            boot
 2      15.0GB  27.0GB  12.0GB  primary  ext4
 3      27.0GB  40.0GB  13.0GB  primary  linux-swap(v1)

Сумма далеко не 13G, на самом деле она около 5G. Так что именно занимает место на моем корневом разделе?