Есть ли команда или инструмент для автоматического удаления ненужных настроек в домашней папке?

Нет такого инструмента, о котором я знаю, но некоторые программы хранят путь к файлам конфигурации пользователей на их странице руководства в разделе Файлы . Следующий текст получен из man chromium-browser:

FILES  
   ~/.config/chromium
          Default directory for configuration data.
   ~/.cache/chromium
          Default directory for cache data.  (Why?  See 
          <http://standards.freedesktop.org/basedir-spec/latest/> .

Если вы только что установили приложение и хотите удалить его, включая любые настройки, возможно, вы захотите найти эти файлы в зависимости от времени их изменения. Это можно сделать, используя find с опциями -mtime (время модификации в днях) или -mmin (в минутах). Например, если вы запустили программу в течение часа (= 60 минут), вы должны выполнить:

find ~ -mmin -60 -ls | less

Вывод будет содержать дату изменения, владельца / группу (обычно ваш пользователь / группа) , размер и имя, и будут переданы в less, так что вы можете использовать ваши клавиши со стрелками, страницы вверх и вниз для навигации.

Наконец, вы можете посмотреть на источник (вы используете программное обеспечение FOSS, верно :)), если вы понимаете язык. Если программа небольшая, это выполнимо. Но если программа большая, она усложняется.

Это также возможно с Ubuntu Tweak

Если Вы хотите сбросить все свои персональные настройки, необходимо удалить все скрытые файлы в корневом каталоге за исключением .bash_logout, .bashrc, .profile (эти три файла копируются с /etc/skel на пользовательском создании).

Не всегда просто удалить настройки для конкретного приложения, потому что скрытый файл или каталог, который это создает, обычно на первом показе, могут иногда иметь очень загадочное имя (например, скрытый каталог для гибридного языка раньше был .purple).

Кроме патологических случаев, поиска как

find ~ -iname '*appname*'

должен дать хорошую подсказку того, что удалить для сброса приложения.

Править:

Поскольку @htorque, на который указывают в комментарии ниже, в скрытых файлах и директорах там, мог быть также данными как электронные письма под .evolution, браузер отмечает под .mozilla/firefox,и т.п..

Так, как всегда, имейте резервное копирование своих разумных данных где-нибудь.