Как удалить каталог из zip-файла, используя скрипт bash?

Если вы хотите удалить все файлы из определенного каталога, вы можете сделать это:

zip --delete file.zip "assets/*"

Из man zip:

      zip -d foo foo/tom/junk foo/harry/\* \*.o

will  remove  the  entry  foo/tom/junk,  all  of  the  files  that  start  with
foo/harry/,  and  all  of  the files that end with .o (in any path).

Если это не поможет, можете ли вы предоставить некоторые подробности о командах, которые вы пробовали, и выводе?

Возможно, это могло быть сделано со сценарием, но в командной строке, если Вы хотите удалить каталог из zip-файла, удостоверьтесь, что каталог пуст. Если каталог не пуст, то сначала удаляют все файлы из каталога. Затем Вы можете способный удалить каталог.