Grep шаблон из файла

Question 1

У меня есть два файла.

Файл1

Als  
Mmp  
Ggt1

Файл2 (разделенный вкладками)

cy3 cy5 ID GeneName Zscore  
18 18 NM23XX Als 2.34886  
456 487 NM375FG Rac 0.898549

Я хочу grep список файлов1 в файле2. Я хочу, чтобы возвращение было что-то вроде:

18 18 NM23XX Als 2.34886

Я использовал

grep -f file1 file2

, но возвращение - это весь файл с совпадениями, выделенными красным. Я хочу только совпадающие строки. Я также пытался

grep -x -f file1 file2

И не было возврата. Что я могу сделать?

Question 2

for gene in $(cat file1); do cat file2 | grep $gene; done
18      18      NM23XX  Als     2.34886

Question 3

Question 4

Вы, кажется, делаете правильные вещи:

$ cat f1
Als
Mmp
Ggt1

$ cat f2
cy3 cy5 ID GeneName Zscore  
18 18 NM23XX Als 2.34886  
456 487 NM375FG Rac 0.898549 

$ grep  -f f1  f2
18 18 NM23XX Als 2.34886  

$ grep --version
grep (GNU grep) 3.1
...

Возможно, у вашего файла f1 есть завершающий пробел в строке «Als»?

SHawarden · Answer 1 · 6 June 2019 в 00:23

for gene in $(cat file1); do cat file2 | grep $gene; done
18      18      NM23XX  Als     2.34886

0

ответ дан SHawarden 6 June 2019 в 00:23

Ray Butterworth · Answer 2 · 6 June 2019 в 00:23

Вы, кажется, делаете правильные вещи:

$ cat f1
Als
Mmp
Ggt1

$ cat f2
cy3 cy5 ID GeneName Zscore  
18 18 NM23XX Als 2.34886  
456 487 NM375FG Rac 0.898549 

$ grep  -f f1  f2
18 18 NM23XX Als 2.34886  

$ grep --version
grep (GNU grep) 3.1
...

Возможно, у вашего файла f1 есть завершающий пробел в строке «Als»?

Grep шаблон из файла

2 ответа

Другие вопросы по тегам:

Похожие вопросы: