Как подключиться к серверу с помощью файла ключей .ppk

К сожалению, эта команда делает не то, потому что дает вам только эту группу и удаляет все остальные. usermod следует избегать, есть лучшие и более простые инструменты для использования.

Решение должно начаться в режиме восстановления и добавить пользователя в группу sudo.

To добавьте пользователя в группу, я обычно использую

sudo gpasswd -a $user $group

, многие другие предпочитают использовать

sudo adduser $user $group

Обе эти команды не меняют набор групп, к которым пользователь уже принадлежит.