На этот вопрос уже есть ответ здесь:
Мне нужно дефрагментировать внешний жесткий диск. Я использую Kubuntu 16.04.6 LTS. Есть ли для этого инструмент дефрагментации или мне следует обратиться к другу с Windows? Или, может быть, инструмент Windows, который работает через Wine?
Если у вас достаточно свободного дискового пространства, вы можете использовать parted или gparted, чтобы уменьшить фрагментированный раздел чуть более чем вдвое. Затем создайте новый раздел ntfs для заполнения нераспределенного. Отформатируйте новый раздел. Скопируйте все файлы (не используя dd, а с помощью команды копирования файлов, например "cp -a") из старого раздела в новый. Теперь удалите фрагментированный раздел и разверните новый раздел, чтобы использовать исходный объем дискового пространства. Новый раздел будет дефрагментирован.
Если ваша текущая файловая система NTFS, вы должны использовать Windows для дефрагментации. Из-за того, как работает NTFS, она очень скоро снова фрагментируется.
Для EXT4 есть e4defrag, который работает изначально и делает хорошую работу. Файловые системы EXT4 также менее подвержены фрагментации.