Я полагаю, что вы должны запустить byobu, запустив byobu-launcher, который обрабатывает все настройки и конфигурационные файлы.
Изменить: вы устанавливаете переменную окружения в .bashrc, которая означает, что он будет установлен только в bash. Запуск byobu непосредственно из gnome-terminal означает, что bash не задействован. Помещение переменной окружения в .profile должно выполняться в сеансе, но вам нужно будет выйти из системы и вернуться в нее, чтобы она вступила в силу.