Проблема, устанавливающая R пакет с lblas и lapack зависимостями
Я пытаюсь установить HMSC R пакет в версию 3.6.1 (2019-07-05) Версии 1.2.1335 и R RStudio - "Действие Пальцев ног" на Ubuntu 18.04.2 Linux Система LTS
Код для установки через R следующие
library(devtools)
install_url('https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/BayesLogit/BayesLogit_0.6.tar.gz')
install_github("hmsc-r/HMSC", build_opts = c("--no-resave-data", "--no-manual"))
При установке BayesLogit_0.6.tar.gz я получаю следующую ошибку
/home/barefootbushman/miniconda3/bin/../lib/gcc/x86_64-conda_cos6-linux-gnu/7.3.0/../../../../x86_64-conda_cos6-linux-gnu/bin/ld: cannot find -lblas
/home/barefootbushman/miniconda3/bin/../lib/gcc/x86_64-conda_cos6-linux-gnu/7.3.0/../../../../x86_64-conda_cos6-linux-gnu/bin/ld: cannot find -llapack
collect2: error: ld returned 1 exit status
/usr/share/R/share/make/shlib.mk:6: recipe for target 'BayesLogit.so' failed
make: *** [BayesLogit.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘BayesLogit’
* removing ‘/home/barefootbushman/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/BayesLogit’
Error in i.p(...) :
(converted from warning) installation of package ‘/tmp/RtmpL8qXxH/file18aa17542138/BayesLogit_0.6.tar.gz’ had non-zero exit status
Я проверил на установку использования-lapack и-lblas
sudo apt-get update
Hit:1 http://nz.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic InRelease
Hit:2 http://nz.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates InRelease
Hit:3 http://nz.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-backports InRelease
Hit:4 https://repo.skype.com/deb stable InRelease
Hit:5 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ InRelease
Get:6 https://desktop-download.mendeley.com/download/apt stable InRelease [2,456 B]
Ign:7 http://dl.bintray.com/basespace/BaseMount-DEB saucy InRelease
Ign:8 http://dl.bintray.com/basespace/BaseSpaceFS-DEB saucy InRelease
Hit:9 http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security InRelease
Hit:10 http://ppa.launchpad.net/inkscape.dev/stable/ubuntu bionic InRelease
Get:11 http://dl.bintray.com/basespace/BaseMount-DEB saucy Release [1,838 B]
Get:12 http://dl.bintray.com/basespace/BaseSpaceFS-DEB saucy Release [1,837 B]
Hit:13 http://ppa.launchpad.net/marutter/rrutter/ubuntu bionic InRelease
Fetched 6,131 B in 2s (4,067 B/s)
Reading package lists... Done
Сопровождаемый
sudo apt-get install libblas-dev liblapack-dev
Reading package lists... Done
Building dependency tree
Reading state information... Done
libblas-dev is already the newest version (3.7.1-4ubuntu1).
liblapack-dev is already the newest version (3.7.1-4ubuntu1).
0 upgraded, 0 newly installed, 0 to remove and 28 not upgraded.
Однако я все еще получаю ту же ошибку при попытке установить BayesLogit в R.
Любая справка о том, как преодолеть эту ошибку, ценилась бы. Chris
1 ответ
Для установки HMISC R пакет во всех в настоящее время поддерживаемых версиях Ubuntu открывают терминал и тип:
sudo apt install r-cran-hmisc
r-cran-hmisc пакет не зависит или от libblas-dev или от liblapack-dev, таким образом, Вы не доберетесь cannot find -lblas или cannot find -llapack сообщение об ошибке при попытке установить r-cran-hmisc.
сообщение об ошибке, что Вы добрались при попытке установить HMISC R пакет, является отказом Анаконды наверняка, но я не знаю, где файл Анаконды преступника расположен в системе. Обычно, когда путь является borked Анакондой, Вы можете символьная ссылка это назад к соответствующему исполняемому файлу Ubuntu. Если Анаконда испортила слишком много путей в Вашей системе, единственный способ, которым Вы собираетесь избавиться от путаницы, путем завершенного удаления и чистки Анаконды.