`Sudo chown -R $ USER $ HOME` безопасно?

Есть ли какие-либо файлы, как в ~/.config или в другом месте, в домашнем каталоге, которые должны принадлежать root?

Нет, вы не должны быть владельцем всех файлы и папки под вашим домом.

В чем может быть проблема в противном случае?

В вашем доме есть множество настроек уровня пользователя для различных приложений и самой системы в скрытых файлах и папках. , Если вы chown получите права root, у вас будут проблемы при следующем входе в систему. Во время входа ваш профиль не может быть загружен, так как у вас больше нет прав доступа к файлам конфигурации. И вас, скорее всего, выгонят на экран входа в систему. В процессе вы заблокируете себя.

Будет ли рекурсивная смена владельца каждого файла в моем пользователе ~, чтобы он был моим пользователем, вредным?

В этом нет никакого вреда. Но имейте в виду случай, указанный Лекенштейном в комментарии выше. Я цитирую это,

Остерегайтесь редких случаев, когда при буквальном выполнении команды в заголовке $ USER и $ HOME могут быть изменены. Например. USER=nobody; HOME=/; sudo chown -R $USER $HOME небезопасно.

В предложении выше есть лучшее предложение, чем рекурсивное chown.

вы можете найти файлы, не принадлежащие вам, используя find ~ ! -user $USER -ls (при условии, что среда, в которой переменные не были изменены). И переименовывайте только эти файлы.

Все файлы и каталоги в вашем домашнем каталоге (/home/user) должны принадлежать вашему пользователю.