Нет, они одинаковы.
Для приобретенных вещей, которые вы не можете установить без Software Center, он фактически просто добавляет новый (аутентифицированный) репозиторий для этого приложения ... Но это все это происходит через apt, и как только добавляется репо, вы можете использовать стандартный набор инструментов apt-get / dpkg.
Итак, в этом случае (с помощью master-pdf-editor) вам нужно пройти через Software Center (для это добавить свое коммерческое репо).
Откройте терминал и попробуйте это:
sudo apt-get install mtpfs
У меня возникла очень похожая проблема с другим устройством, и это позволило мне подключить его к моей системе Ubuntu.