На Chemistry Stack Exchange я задал вопрос о совместном использовании Open Babel и Python.
Проблема в том, что ответ, который мне дал (Джефф Хатчинсон), требует, чтобы Python мог импортировать модуль Pybel.
Я установил Open Babel на этот компьютер двумя способами: APT и source. Затем я удалил установку APT после того, как понял, что pybel недоступен для использования с Python, и решил установить из исходного кода с привязками Python.
Для этого я следовал этому руководству , для конечной команды было настроено (начиная с ~/build
)
cmake ../openbabel-2.3.2 -DBUILD_GUI=ON -DPYTHON_BINDINGS=ON
, что дало вывод:
-- Using included inchi library.
-- Found wxWidgets: TRUE
-- Cairo found. PNG output will be supported.
-- Attempting to build the GUI
-- wxWidgets found => GUI will be built
CMake Warning (dev) at test/CMakeLists.txt:171 (include):
Syntax Warning in cmake code at
/home/fusion809/Downloads/openbabel-2.3.2/cmake/modules/UsePythonTest.cmake:54:14
Argument not separated from preceding token by whitespace.
This warning is for project developers. Use -Wno-dev to suppress it.
CMake Warning (dev) at test/CMakeLists.txt:171 (include):
Syntax Warning in cmake code at
/home/fusion809/Downloads/openbabel-2.3.2/cmake/modules/UsePythonTest.cmake:54:31
Argument not separated from preceding token by whitespace.
This warning is for project developers. Use -Wno-dev to suppress it.
CMake Warning (dev) at test/CMakeLists.txt:171 (include):
Syntax Warning in cmake code at
/home/fusion809/Downloads/openbabel-2.3.2/cmake/modules/UsePythonTest.cmake:57:25
Argument not separated from preceding token by whitespace.
This warning is for project developers. Use -Wno-dev to suppress it.
CMake Warning (dev) at test/CMakeLists.txt:171 (include):
Syntax Warning in cmake code at
/home/fusion809/Downloads/openbabel-2.3.2/cmake/modules/UsePythonTest.cmake:57:39
Argument not separated from preceding token by whitespace.
This warning is for project developers. Use -Wno-dev to suppress it.
-- Python bindings will be compiled
-- Could NOT find Ruby (missing: RUBY_INCLUDE_DIR RUBY_LIBRARY RUBY_CONFIG_INCLUDE_DIR) (found version "2.1.0")
-- Ruby library files NOT found. Ruby bindings will NOT be compiled.
-- Configuring done
-- Generating done
-- Build files have been written to: /home/fusion809/build
Однако я должен упомянуть, что когда я впервые скомпилировал Open Babel, я забыл добавить команды -DBUILD_GUI
и -DPYTHON_BINDINGS
в строку cmake, поэтому мне пришлось запустить эту новую команду cmake после того, как я изначально скомпилировал программного обеспечения. Это имеет какое-то значение? Должен ли я удалить Open Babel и перекомпилировать? Если да, мне нужно удалить некоторые файлы из моего каталога /usr/
в (если это так, пожалуйста, укажите их, поскольку я не знаю, какие из них)? Если актуально, я нахожусь на 32 бит 15.04.
Я удалил содержимое моего каталога сборки и снова запустился, и после команды cmake я выполнил:
make
sudo make install
export PYTHONPATH=/usr/local/lib:$PYTHONPATH
В конце полученного мной вывода были эти два lines:
-- Up-to-date: /usr/local/lib/openbabel.py
-- Up-to-date: /usr/local/lib/pybel.py
В терминале Python я запустил import openbabel
и import pybel
, и он дал вывод: ImportError: No module named ...
где ...
- openbabel или pybel, в зависимости от того, какие команды были выполнены , так что я подозреваю, что это проблема в конце моей установки Python.
Без python-openbabel
:
% python
Python 2.7.9 (default, Apr 2 2015, 15:33:21)
[GCC 4.9.2] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import openbabel
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
ImportError: No module named openbabel
>>>
% python
Python 2.7.9 (default, Apr 2 2015, 15:33:21)
[GCC 4.9.2] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import pybel
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
ImportError: No module named pybel
>>>
Установка python-openbabel
:
sudo apt-get install python-openbabel
Проверка:
% python
Python 2.7.9 (default, Apr 2 2015, 15:33:21)
[GCC 4.9.2] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import openbabel
>>>
% python
Python 2.7.9 (default, Apr 2 2015, 15:33:21)
[GCC 4.9.2] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import pybel
>>>
Я имел ту же проблему и выяснил, что использовал распределение Python (Анаконда) кроме оригинала (тот, обеспеченный Ubuntu). Ниже потенциальное обходное решение (если это верно).
После установки python-openbabel, использующего склонный - получают, проверяют его с обеспеченным системой Python (в моем случае /usr/bin/python
). Необходимо быть в состоянии импортировать openbabel:
% /usr/bin/python
Python 2.7.6 (default, Jun 22 2015, 17:58:13)
[GCC 4.8.2] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import openbabel
>>>
я пытался использовать easy_install
обеспеченный Анакондой для установки openbabel & pybel, но это не было успешно. Тогда я скопировал *openbabel*
и *pybel*
файлы в /usr/lib/python2.7/dist-packages/
к папке, которая PYTHONPATH
видит, и она хорошо работала. Я ценил бы, если у кого-либо есть более хороший (более чистый) способ сделать использование Анаконды пакета установленным для обеспеченного системой Python.
(я хотел прокомментировать к ответу, но из-за отсутствия репутации я не мог)